Γεννήθηκε στις 29 Φεβρουαρίου 1940 στο χωριό Άγιοι Θεόδωροι Ίμβρου και έλαβε τουρκική υπηκοότητα. Το κοσμικό του όνομα ήταν Δημήτριος Αρχοντώνης και οι γονείς του ονομάζονταν Χρήστος και Μερόπη. Φοίτησε στα σχολεία της Ίμβρου και στο Ζωγράφειο Λύκειο της Κωνσταντινούπολης και κατόπιν εγγράφηκε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης, από την οποία αποφοίτησε αριστούχος το 1961. Τον Αύγουστο του ίδιου έτους χειροτονήθηκε διάκονος στο μητροπολιτικό ναό της Ίμβρου από τον πνευματικό του πατέρα, τότε Μητροπολίτη Ίμβρου και μετέπειτα Χαλκηδόνος, Μελίτωνα Χατζή και του δόθηκε το όνομα Βαρθολομαίος.Από το 1961 μέχρι το 1963 εκπλήρωσε τις στρατιωτικές υποχρεώσεις του ως έφεδρος αξιωματικός στον τουρκικό στρατό.
Από το 1963 έως το 1968, παρακολούθησε μεταπτυχιακές σπουδές, με υποτροφία του Οικουμενικού Πατριαρχείου, στο Ινστιτούτο Ανατολικών Σπουδών Ρώμης, στο Οικουμενικό Ινστιτούτο Bossey της Ελβετίας και στο Πανεπιστήμιο του Μονάχου. Έλαβε το διδακτορικό του στο κανονικό δίκαιο από το Γρηγοριανό Πανεπιστήμιο Ρώμης, υποβάλλοντας διατριβή με θέμα «Περὶ τὴν κωδικοποίησιν τῶν ἱερῶν κανόνων καὶ τῶν κανονικῶν Διατάξεων ἐν τῇ Ὀρθοδόξῳ Ἐκκλησίᾳ».
