Το άνοιγμα και οι στενές σχέσεις του Πατριάρχη Αθηναγόρα με το Βατικανό ήταν κάτι το αναμενόμενο και προγραμματισμένο, καθώς «από Μητροπολίτης Κερκύρας είχε καλλιεργήσει στενές σχέσεις με την Καθολική Εκκλησία που ως αρχιεπίσκοπος Αμερικής τις αξιοποίησε περισσότερο. Όταν μάλιστα ως Οικουμενικός Πατριάρχης διήρχετο με το προσωπικόν αεροπλάνον του Τρούμαν από το ιταλικό έδαφος, παρακάλεσε τον πιλότο να πετάξη πάνω από την Αγία Έδρα, ανταποκρινόμενος κατ’ αυτόν τον τρόπον στην επιθυμία πολλών φίλων του της Αμερικής να συνδεθή στενότερα με τον Καθολικισμό».(Καθηγητού Δ. Τσάκωνα, Αθηναγόρας ο Οικουμενικός των Νέων Ιδεών, Αθήναι 1976, σελ. 93).
Ο πρώτος επίσημος απεσταλμένος του Φαναρίου στο Βατικανό ήταν ο μόλις εκλεγμένος τότε Αρχιεπίσκοπος Αμερικής Ιάκωβος, ο πρώτος ορθόδοξος Ιεράρχης που συναντήθηκε με τον πάπα μετά από αιώνες.
Αυτή η «ένωση στο κοινό Ποτήριο» επιχειρήθηκε με την περίφημη «άρση των αναθεμάτων» μεταξύ Βατικανού και Φαναρίου, που πραγματοποιήθηκε στα τέλη του 1965, με μονομερή απόφαση του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Χαρακτηριστική ήταν η αντίδραση της Εκκλησίας της Ελλάδος η οποία «με πολλήν δυσμένειαν επληροφορήθη την πρωτοβουλίαν του Οικουμενικού Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως Παν. Αθηναγόρα. Ουδείς έχει το δικαίωμα να προβαίνη εις παρομοίας πράξεις. Το δικαίωμα έχει μόνον ολόκληρος η Ορθοδοξία». (Δήλωση του Αρχιεπισκόπου Αθηνών Χρυσοστόμου, εφημ. Ορθόδοξος Τύπος, Νοέμβριος 1965).Με την άρση των αναθεμάτων οι δύο πλευρές εννοούσαν την άρση του Σχίσματος. Ο τότε Αρχιεπίσκοπος Αμερικής Ιάκωβος, επίσημος απεσταλμένος εκείνη την περίοδο του Πατριάρχη Αθηναγόρα προς τους Ρωμαιοκαθολικούς, αποκαλύπτει το περιεχόμενο των μηνυμάτων που αντέλλασσαν Φανάρι και Βατικανό «μέχρι του τολμηρού επίσης μηνύματος που μου ανέθεσε ο Πατριάρχης να μεταβιβάσω στον πρόεδρο της Επιτροπής Σχέσεων Δύσης και Ανατολής, που ήταν ένας Γερμανός σεβάσμιος καρδινάλιος, ο Αυγουστίνος Μπέα».
Και συνεχίζει ο Αρχιεπίσκοπος: «Λίγο καιρό μετά, επισκέπτομαι τον Μπέα στη Νέα Υόρκη. Τον ρώτησα: ‘Τι λέτε, σεβασμιότατε, μπορούμε να φέρουμε τις Εκκλησίες μας πιο κοντά με την άρση του Σχίσματος;’ Μου λέει: ‘Καλή ιδέα, δεν ξέρω πως θα τη δεχτούν στη Ρώμη, αλλά εγώ νομίζω ότι πρέπει να γίνει η άρση του Σχίσματος. Έτσι, δεν θα έχουμε λόγο κανέναν να μην πλησιάσουμε ο ένας τον άλλο’.Ερώτηση Γ. Μαλούχου: «Την άρση του Σχίσματος η του αναθέματος;».
Απάντηση Αρχιεπισκόπου: «Και τα δύο αυτά μαζί πηγαίνουνε, γιατί όταν κατέθεσαν οι αντιπρόσωποι του Πάπα το ανάθεμα, τρόπον τινά, με το οποίο αναθεμάτιζε ο Πάπας Νικόλαος τον Μιχαήλ Κηρουλάριο, Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, ήταν το οριστικό Σχίσμα πια. Δεν έγινε άλλη επίσημος πράξις που να καθιερώσει το Σχίσμα ως μία διαιρετική γραμμή μεταξύ Ανατολής και Δύσεως» (Γ. Μαλούχου, Εγώ ο Ιάκωβος, σελ. 196-197). Η άρση του σχίσματος εντάσσεται, άλλωστε, και στην λογική των αποφάσεων της Β Βα τι κα νῆς Συνόδου, που πραγματοποιείτο εκείνο το διάστημα, για άρση της ακοινωνησίας και αναγνώριση των μυστηρίων των Ορθοδόξων.
Στο λατινικό μάλιστα κείμενο της «άρσεως των αναθεμάτων» υπάρχει ο όρος excommunicatio=ακοινωνησία, ο οποίος στην επίσημη μετάφραση του Οικουμενικού Πατριαρχείου μεταφράζεται ως «αναθέματα» (βλ. σχ. Τόμος Αγάπης, Vatican-Phanar (1958-1970), Rome- Istanbul 1971, σελ. 286-287). Το κείμενο, δηλαδή μιλούσε για «άρση της ακοινωνησίας». «Οι New York Times μετέδωσαν την από κοινού αγγελίαν του Βατικανού και του Φαναρίου της 7ης Δεκεμβρίου 1965 δια την άρσιν του excommunicatio (της ακοινωνησίας του Λατινικού κειμένου) εις την πρώτην σελίδα, ως το τέλος του σχίσματος του 1054 και ως την επανέναρξιν της μυστηριακής κοινωνίας που είχε τότε δήθεν διακοπεί. Φαίνεται πλέον σαφώς ότι το Ελληνικόν κείμενον που αναγγέλει την ‘άρσιν των αναθεμάτων’ ήτο τεχνηέντως παραπλανητικόν. Φαίνεται είχε σκοπόν να αμβλύνη ενδεχομένας αρνητικάς αντιδράσεις των Ορθοδόξων Εκκλησιών» (π. Ιω. Ρωμανίδου, Ορθόδοξος
