Λείψανα του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή περιέχει η κιβωτός από αλάβαστρο, την οποία ανακάλυψαν Βούλγαροι αρχαιολόγοι σε ανάσκαφτες στο νησί «Άγιος Ιωάννης» κοντά στη νότια παραλία της Μαύρης Θάλασσας.
Αυτό ανήγγειλε σήμερα ο καθηγητής Καζιμίρ Κωνσταντίνοφ, επικεφαλής της ανασκαφών, στη διάρκεια των οποίων έγινε η ανακάλυψη στον τόπο της αρχαίας εκκλησίας στο νησί στις 28 Ιουλίου.
Κόκαλα από χέρι, από το πρόσωπο και ένα δόντι περιέχει η κιβωτός που ανακάλυψαν οι Βούλγαροι αρχαιολόγοι θαμμένη στις βάσεις της αρχαίας εκκλησίας στο νησί, με προστάτη τον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο, η οποία καταστράφηκε από πυρκαγιά στα αρχαία χρόνια.
Τη μορφή μικρής σαρκοφάγου μήκους δεκαοχτώ και πλάτος δεκατεσσάρων εκατοστών έχει η κιβωτός με τα ιερά λείψανα, την οποία άνοιξε σήμερα ο καθηγητής Κωνσταντίνοφ στον Αρχαιολογικό μουσείου της μικρής παραθαλάσσιας πόλης Σωζόπολη, ύστερα από αγιασμό του ευρήματος από τον αρμόδιο μητροπολίτη της βουλγάρικης εκκλησίας Ιωαννίκιο, παρουσία του αρμοδίου για τα θρησκεύματα, υπουργού άνευ χαρτοφυλακίου Μποζιντάρ Δημητρόφ.
Τη σπάνια τύχη να βρουν και ιδιόμορφη «συστατική επιστολή» της ανακάλυψης τους είχαν οι Βούλγαροι αρχαιολόγοι: Όπως εξήγησε στα βουλγάρικα μέσα ο καθηγητής Κωνστνατίνοφ, δίπλα στην κιβωτό με τα λείψανα βρέθηκε και μικρότερο πέτρινο κουτί, χαρακτηριστικό για τη γεωλογική δομή της Παλαιστίνης.
Στο κουτί που πιθανώς χρησιμοποιήθηκε για τη μεταφορά των λειψάνων από τα Άγια Μέρη, όπως υποθέτουν οι Βούλγαροι αρχαιολόγοι, υπάρχουν δύο επιγραφές στα αρχαία Ελληνικά: Η μία αναφέρει «Κύριε, ελέησον το σκλάβο σου Θωμά» και η άλλη, το όνομα του Αγίου Ιωάννη.
Το μοναστήρι και η εκκλησία του στο νησί Άγιος Ιωάννης υπήρξε σημαντικό θρησκευτικό κέντρο στα χρόνια του Μεσαίωνα, όταν εκεί έγινε η τελετή του γάμου του Βούλγαρου βασιλέα Σβετοσλάφ Τέρτερ με την βυζαντινή πριγκίπησα Θεοδώρα, είπε από την πλευρά του ο Μποζιντάρ Δημητρόφ σε δηλώσεις του στη δημόσια ραδιοφωνία ΒΝΡ.
Στην Βουλγάρικη Ορθόδοξη Εκκλησία παραδόθηκαν σήμερα τα λείψανα του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή, τα οποία πιθανώς θα φιλοξενήσει τοπική εκκλησία της Σωζόπολης, κατόπιν σχετικής απόφασης της Ιεράς Συνόδου.