Η δράση του ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού κατά τον Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο, αν και όχι τόσο προβεβλημένη, υπήρξε, ωστόσο, αποτελεσματική και ένδοξη.
Από τις πρώτες ημέρες του πολέμου το Ναυτικό δραστηριοποιήθηκε στη διεκπεραίωση των στρατηγικών, κατ’ αρχάς, μεταφορών της περιόδου επιστρατεύσεως και των μετέπειτα μεταφορών πάσης φύσεως εφοδίων προς τα μαχόμενα ελληνικά τμήματα του μετώπου, ενώ ανέπτυξε και επιθετικές πρωτοβουλίες, με στόχο την παρεμπόδιση των θαλασσίων επικοινωνιών που εξασφάλιζαν το ρεύμα εφοδίων και ενισχύσεων των ιταλικών στρατευμάτων στην Αλβανία. Οι πρωτοβουλίες αυτές εκδηλώθηκαν με συνεχείς περιπολίες υποβρυχίων στην Αδριατική αλλά και νυχτερινές επιδρομές αντιτορπιλικών στο στενό του Οτράντο.
Η πτώση της Ελλάδας στους Γερμανούς δε σήμανε και την οριστική κάμψη της ελληνικής αντιστάσεως καθώς η ελληνική κυβέρνηση συνέχισε τον αγώνα κατά του κατακτητή από την αναγκαστική εξορία.
Πολύπλευρη ήταν η προσφορά του Πολεμικού Ναυτικού στην κοινή συμμαχική προσπάθεια. Με τη διαφυγή στην Αλεξάνδρεια όσων πολεμικών πλοίων δεν είχαν βυθιστεί από τη γερμανική αεροπορία στη διάρκεια της εισβολής, συγκροτήθηκε μια αξιόμαχη δύναμη από δεκαπέντε περίπου πλοία, 600 περίπου αξιωματικούς και υπαξιωματικούς και 2200 ναύτες.
Ως τη λήξη του πολέμου, ο στόλος εμπλουτίστηκε με την προσφορά από τους συμμάχους νέων πολεμικών μονάδων. Έτσι, παραχωρήθηκαν 6 αντιτορπιλικά τύπου Hunt, 2 αντιτορπιλικά τύπου «Όλγα», 4 κορβέτες, 2 υποβρύχια και άλλα μικρότερα σκάφη. Η δράση των ελληνικών ναυτικών μονάδων, εξοπλισμένων συχνά με ατελή μέσα σε σχέση με τα σύγχρονα της εποχής, αλλά επανδρωμένων με έμπειρα και μαχητικά πληρώματα, επιστέφθηκε από σημαντικά πολεμικά κατορθώματα.
Παρόν ήταν στον συμμαχικό αγώνα και το ισχυρό ελληνικό εμπορικό ναυτικό. Τα υπό ελληνική σημαία εμπορικά πλοία το 1939 που ξεκίνησε ο πόλεμος αριθμούσαν 539 σκάφη πάσης φύσεως, συνολικής χωρητικότητας (1.684.694) 1,7 εκατομυμυρίων τόνων περίπου. Στο τέλος του πολέμου το 1945 είχαν απομείνει 121 πλοία συνολικής χωρητικότητας (506.033) 0,5 εκατομμυρίων τόνων περίπου. Χάθηκε το 77% των πλοίων και το 70% της χωρητικότητας. Σημαντικές ήταν και οι απώλειες σε ανθρώπινο δυναμικό, 2.500 ναυτικοί έχασαν τη ζωή τους, ενώ έμειναν ανάπηροι και ψυχικά κατεστραμμένοι πολλοί περισσότεροι, που όμως δεν έχουν καταγραφεί.
Παρατίθενται ιστορικά ντοκουμέντα από τα αρχεία του Μουσείου που αφορούν τη δράση του ελληνικού στόλου στον Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο.