Ο ίδιος και η οικογένειά του ανέπτυξαν ιδιαίτερη σχέση με την Ιερά Μονή Πλατυτέρας που βρίσκεται στο νησί. Ο πρώτος Κυβερνήτης της Ελλάδος σε νεαρή ηλικία είχε, μάλιστα, εκφράσει γραπτώς την επιθυμία να ταφεί στο μοναστήρι.
Έξι μήνες μετά τη δολοφονία του στο Ναύπλιο, ο αδερφός του Αυγουστίνος, μετέφερε το ταριχευμένο σώμα του στην Κέρκυρα για να εκπληρώσει τη επιθυμία του.
Πάνω στον τάφο του χαράχθηκε η λιτή επιγραφή «Ι. Α. Καποδίστριας Κυβερνήτης της Ελλάδος».