Η ανατίναξη της τούρκικης ναυαρχίδας
Τον Ιούνιο του 1822, αφού ο ελληνικός στόλος δεν κατάφερε να σώσει τη Χίο από την τουρκική σφαγή, ο Κανάρης ανέλαβε να βάλει μπουρλότο στη ναυαρχίδα του Καρά Αλή, του επικεφαλής του στρατού που έσφαξε τους κατοίκους και έκαψε το νησί.
Την επιχείρηση θα εκτελούσαν τα πυρπολικά του Κανάρη και του Ανδρέα Πιπίνου. Στο εγχείρημα βοήθησαν δύο παράγοντες: αφενός ότι η νύχτα ήταν πολύ σκοτεινή καθώς δεν είχε φεγγάρι και αφετέρου ότι στο κατάφωτο κατάστρωμα της ναυαρχίδας οι περίπου 2.000 Τούρκοι γιόρταζαν το Μπαϊράμι
κι έτσι τα μέτρα φρούρησης ήταν ελλιπή. Η φωτιά απ' το μπουρλότο μεταδόθηκε ταχύτατα στο καράβι. Πριν προλάβουν να απομακρυνθούν απ' αυτό οι πρώτες σωστικές λέμβοι, η φωτιά έφτασε στην πυριτιδαποθήκη, η οποία ανατινάχθηκε. Ως αποτέλεσμα τα θύματα ήταν πάρα πολλά. Μεταξύ αυτών ο ναύαρχος Καρά Αλής, αξιωματικοί του και πολλοί ναύτες. Το πυρπολικό του Πιπίνου προσέγγισε την υποναυαρχίδα αλλά δεν κατάφερε να την καταστρέψει. Της προκάλεσε όμως αρκετές ζημιές.
Η ανατίναξη της τουρκικής ναυαρχίδας υπήρξε ένα από τα χαρακτηριστικότερα γεγονότα του κατά θάλασσαν αγώνα, έκανε δε πολύ μεγάλη εντύπωση στην Ευρώπη. Χρησιμοποιώντας σημερινή ορολογία, θα λέγαμε ότι βοήθησε επικοινωνιακά πολύ την Επανάσταση. Τόσο μεταξύ των επαναστατημένων Ελλήνων όσο και μεταξύ των Ευρωπαίων, ο Κανάρης πλέον ήταν ήρωας.
Η δράση του βεβαίως συνεχίσθηκε καθώς συνέχισε με μεγαλύτερη αποφασιστικότητα τον αγώνα. Ο Κακλαμάν Πασάς Μεχμέτ τοποθετήθηκε νέος ναύαρχος στη θέση του Καρά Αλή. Τον Οκτώβριο του 1822 βγήκε με το στόλο του στο Αιγαίο για να ανεφοδιάσει τα τουρκικά φρούρια στην Πελοπόννησο και να καταστείλει την Επανάσταση στα νησιά. Αγκυροβόλησε στην Τένεδο. Αλλά στις 29 Οκτωβρίου 1822, ο Κανάρης, συνοδευόμενος από το Δημήτριο Βρατσάνο, πέρασε ανάμεσα από τον τουρκικό στόλο και μην μπορώντας να προσεγγίσει το πλοίο του ναυάρχου, την καπουδάνα, κόλλησε το πυρπολικό του στην αντιναυαρχίδα "Ρίαλα-Γεμισί" και την τίναξε στον αέρα. Έχασαν τη ζωή τους 800 μέλη του πληρώματος, Τούρκοι αλλά και Χριστιανοί ναύτες που υπηρετούσαν στον οθωμανικό στόλο. Ο Κακλαμάν Πασάς Μεχμέτ σήκωσε άγκυρα και κατέφυγε με τη βοήθεια ούριου ανέμου στο Τσανάκ-Καλεσί, στα Δαρδανέλλια.